В 1936 г. принят научным сотрудником-охотоведом в Ильменский заповедник. С 1945 г. до конца своей жизни был заведующим научной частью заповедника. За это время Сергей Львович внес заметный вклад в изучение жизни птиц, косуль, лосей и хищных млеко питающих Ильмен, вел работы по акклиматизации пятнистого оленя. Имеет много работ по лесоведению, фенологии Ильмен. Вел летопись природы Ильменского заповедника, иллюстрируя ее своими прекрасными фотографиями.
Перу С. Л. Ушкова принадлежит более 50 печатных работ, вышедших при его жизни, и 15 рукописных, которые были опубликованы позже. Одновременно с научными работами С. Л. Ушков писал и научно-популярные статьи, опубликованные в сборниках об Ильменском заповеднике, в альманахе "Уральские огоньки", специальных книгах для детей. Сергей Львович был постоянным корреспондентом газет "Миасский рабочий" и "Челябинский рабочий", проводил многочисленные экскурсии по музею и территории Ильменского заповедника.

Сотни людей с любовью хранят в своем сердце память о знатоке природы С. Л. Ушкове, и тысячи узнают его имя и запоминают надолго, познакомившись с еще одной стороной таланта этого ученого-самоучки, рассматривая в музее чучела зверей и птиц. За 14 лет работы в заповеднике Сергей Львович изготовил их более двухсот, используя тушки погибших от непогоды или от рук браконьеров животных и птиц. Многие экспозиции - настоящие произведения искусства: "Орлы-беркуты с жертвой", "Нападение волков на сибирскую косулю", "Ток глухаря" и др.
   
Более полувека Сергей Львович Ушков отдал изучению и обогащению природы родного Урала, которую горячо любил, и для блага которой неутомимо работал. С. Л. Ушков скоропостижно скончался 26 октября 1951 г. и похоронен по его просьбе в заповеднике.